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根据发酵过程泡沫的消长规律，对PMI泡沫的控制可以采用两种途径：一种是减少泡沫形成的机会，通过调整培养基的成分，如少加或缓加易起泡的培养基成分、改变某些培养条件，如ph、温度、通气量、搅拌速率或改变发酵工艺来控制。
机械消泡的优点是不用在发酵液中引入外源物质，节省原材料，减少染菌机会，且不会增加下游提取工艺的负担。但PMI泡沫效果往往不如消泡剂消泡迅速、可靠，需要一定的设备和消耗一定的动力，其缺点是不能从根本上去除泡沫的形成，因此常作为消泡的辅助方法使用。
机械消泡是一种物理消泡的方法，借助机械强烈振动或压力变化起到破碎气泡、去除泡沫的作用。消泡装置可安装在罐内或罐外。罐内可在搅拌轴上方安装消泡桨，泡沫借旋风离心场作用被压碎，也可将少量消泡剂加到消泡转子上以增强消泡效果。罐外法是将泡沫引出罐外，通过喷嘴的加速作用或离心力破碎泡沫后，液体再返回发酵罐内。
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